在用人方面，“各科的主任、隊長、連長大部分都換成日本留學回來的教官。”馬永祥說。蔣百里撤換的教官大多是以往陸軍速成學堂的段祺瑞的舊部。在他的暗示下，陸軍部軍學司司長魏宗瀚開始對蔣百里百般刁難。蔣百里向陸軍部建議充實學校設備，“幾次給陸軍部打報告，陸軍部就搪塞不給。”馬永祥說。

　　蔣百里雖然多方奔走，但是始終得不到陸軍部軍學司的支持。他要辭職卻又不被批準。三番五次碰壁，讓蔣百里深感失責。“他覺得自己的報國之心沒有地方施展。”馬永祥說。

　　1913年6月18日早，蔣百里召集師生緊急訓話。給學生訓話完畢，蔣百里轉身入內，開槍自戕。幸而被勤務兵阻了一下方才保住了性命。心灰意冷的蔣百里以養傷為由辭去了校長之職。

　　從上任到卸任，蔣百里在保定軍校只有短短半年。他推行的改革，雖然后來受到阻擾，但是其教育理念已經深入保定軍校。在他之后又有六任校長，基本上都沿襲了蔣百里改革時推行的制度。

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